超声波DNA打断仪包括在二价阳离子、随机DNA双链结合蛋白质、非离子表面活性剂以及一价盐的存在下，对DNA分子进行打断。
该仪器能够有效提高二代测序文库构建的效率。DNA分子双螺旋结构，是通过内侧氢键形成的碱基对使两条脱氧核苷酸长链稳固地并联起来，同时碱基对之间纵向的相互作用力也进一步提高了DNA分子的稳定性，所以DNA分子的双螺旋结构是一种相对稳定的结构。
随着高通量测序(NGS)技术的发展与成熟，在科研，诊断，体检各市场领域应用范围不断扩大。除了市场的扩大之外，测序技术木身开发放慢速度，制约技术扩大应用的瓶颈渐渐显露出来。
如今，样品制备在NGS中的瓶颈效应越来越明显，新试剂、新仪器不断涌现，以缩短时间，提高通量。同时，新方法也在不断开发，以处理更少的样本起始量等。
目前，常用的染色体脱氧核糖核酸(Deoxvribonucleic acid，简称DNA)分子片段化方法主要有四种，分别为;DNA限制性酶切法，水动力剪切法，超声波断裂法，喷射变化法，每种方法各有利弊。
对长链DNA(通常指生物热色体DNA)片段化的主要原因是短的DNA片段有利干进行DNA分子快速杂交和高灵敏目标探测，另外在NGS文库构建的过程中，片段化是一个无法避开的过程
超声波DNA打断仪其干水动力剪切法，超声波断制法的片段化方法，是较为推荐的DNA分子片段化方法，另外由干DNA分子的本身的特异性，例如甲其化,修饰程度等，会提高分子本身的
特性，使用机械方法这种区域会与其它区域有不同的断裂比例(几率)，这样一定程度上引入了机械打断的偏好性。
使用低成本的非限制性内切酶方法，摆脱打断仪器的限制，建立适用干普通分子生物学实验室和高通量NGS文库构建实验室的DNA打断方法。
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